南苏丹首都朱巴是南航空枢纽，提供国内、国际民航、货运和商业包机服务。目前朱巴有往返苏丹首都喀土穆、埃塞俄比亚首都亚的斯亚贝巴、肯尼亚首都内罗毕、阿联酋迪拜、乌干达首都坎帕拉、埃及首都开罗、卢旺达首都基加利的国际航班。国内主要城镇设有简易机场，运营国内航线。

朱巴国际机场主要国际航线如下：

1、朱巴-内罗毕航线

2、朱巴-亚的斯亚贝巴航线

3、朱巴-喀土穆航线

4、朱巴-迪拜航线

5、朱巴-坎帕拉航线

6、朱巴-开罗航线

7、朱巴—基加利航线

南苏丹各州间有长途客车，但车辆陈旧，道路多为土路，路况差，雨季期间不少道路无法通行。朱巴至尼穆勒（临近乌干达的边境城市）的跨境公路是目前南商品进出口的主要通道。

南苏丹为内陆国，尼罗河是其境内唯一水路航道。内河航运可自朱巴一直北上，直抵苏丹喀土穆。目前无法通航。

南苏丹首都朱巴无公交系统，仅有民营的各式面包车往返载客，车况差，事故频发。当地人多选用被称为“Boda Boda”的个人营运摩托车作为市内交通工具。

朱巴：南苏丹首都，中央政府所在地，同时也是中赤道州首府。人口约50万，平均海拔457米，距苏丹首都喀土穆1198公里，距乌干达边境约180公里，尼罗河流经城市东侧。

瓦乌：南苏丹第二大城市，西加扎勒河州首府，位于朱尔河岸，人口约14万。瓦乌是南西北地区农产品和畜产品集散地，重要交通枢纽。